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那我们就来稍微讲讲SNP吧，这其实就是单（Single）核苷酸（Nucleotide）的多态性（Polymorphism）。具体机制其实说也说不清，因为大多数SNP不是在外显子上的。基本上都是进化过程中的一些基因的突变，所以一般都会在一些不痛不痒的地方，不会是特别关键的位置。 当然也不能说完全没有功能，有的会导致可变剪接，或者有的会导致表观上的变化。所以SNP的研究面会比较广，所以会有GWAS这样的项目。当然，大多数SNP都是可以通过dbSNP（）来查到的： 当然细心的小盆友都会发现，研究的SNP里面，大多数位点都是C> T，或者是A> G。这是为啥呢？ 那首先，要给你们补一下生化课，什么是碱基的转换（Transitions，C 在进化的过程中，转换的概率，要比颠换的概率来的大，大多少呢，大概大两倍左右。而且即使是转换，C 于是这给检测SNP带来了便利。为啥呢？还是生化课，AT结合与CG结合中结合键是不同的： CG的结合力要比AT强，也就是说需要更高的温度，才能使得CG解链，这个温度相对应的关键参数就是Tm值，也就是解链一半时候的温度。 于是萌生出了最简单的SNP检测方法，利用Tm值差异，引物或者Taqman探针的结合法： 对应于两个SNP的探针Tm值一样的时候，一个位点是AT，另一个位点如果是CG的话，那这两条探针的长短肯定不一样。所以我们会设计针对两个位点的两条Tm值一样的探针，扩增时两个探针同时加入。为什么这么设计呢？下面是饶舌时间： 在低温（低于Tm值）的情况下，基本上都会结合成上图这样，也就是两条探针中不匹配的碱基不会结合上去。 但是，当温度升高，由于不匹配的碱基的不能结合，就相当于这条探针的Tm值会低很多。当匹配的探针达到Tm值的时候，上面这条不匹配的，由于少了个互补的碱基，也就是Tm值要比下面这条来得低，所以当温度达到下面这条探针结合的Tm值的时候，上面这条就已经全部解链了。 结合在模板上的探针才会被水解，所以用不同的荧光来标记两种探针，就可以检测SNP了。 荐：发原创得奖金，“原创奖励计划”来了！秋高气爽，有奖征文邀你直抒心意！ |
